Εκτός από το Qatargate η Εύα Καϊλή βρίσκεται στο επίκεντρο χωριστής ποινικής έρευνας για απάτη αναφορικά με την αμοιβή τεσσάρων πρώην κοινοβουλευτικών βοηθών της στο Ευρωκοινοβούλιο από το 2014 μέχρι το 2020.