Το ανοσοποιητικό σύστημα μέσω αυτής της μεθόδου κρατά τον ιό κλειδωμένο σε «δεξαμενές» του σώματος, όμως εάν ένα άτομο σταματήσει τη θεραπεία ART, ο ιός μπορεί να αρχίσει να αναπαράγεται ξανά και να εξαπλώνεται.